A történet egy fiatal hercegről szól, a középkori Perzsiában. A herceg és apja, seregével együtt, egy nap kifosztják az Indiai Maharadzsa palotáját. Ez a Vezírrel ment könnyen, aki elárulta a Maharadzsát, és segített a hercegnek és apjának, Sharaman királynak bejutni a palotába, amit mint később kiderül, nem szívességből tett. Ezt az alkalmat használja ki a Herceg, hogy bebizonyíthassa apjának, hogy méltó a királyi trónra. Belopakodik a kastélyba, és ellopja az Idő Tőrét, majd később találnak egy homokórát, ami az Idő Homokjával van tele. Ezt elviszik Azadba, a szultánhoz, illetve a Maharadzsa lányát, Farah-t is. A Vezírnek sikerül meggyőznie a Herceget, hogy a Tőrrel nyissa ki a Homokórát. Elszabadul a pokol, a Homokóra kinyílik a kiszálló Homok pedig ellep mindenkit, és borzalmas Homokszörnnyé változtatja az embereket. A 3 túlélő a Herceg, a Vezír, és Farah. A Herceg a Tőrnek, a Vezír a botjának, Farah pedig a nyakában lévő medallionnak köszönheti, hogy nem lett Homokszörny.

FIGYELEM! Spoiler-veszély!!!

Farah és a Herceg először ellenszenvesek egymással, de később rájönnek, szükségük van egymásra. A játék folyamán egyre szorosabb kötelék fonódik kettejük köré. Végül elérnek a Homokórához, és a Hercegnek már csak bele kell döfnie a Tőrt... de ezt nem teszi meg, mert rájön, hogy Farah szívből gyűlölheti őt, mivelhogy elhurcolták őt, és megölték az embereit. Így rájön, hogy bíznia sem kell benne. Ám ekkor ebben az állapotban előlép a Vezír, feltámaszt egy Homokvihart, Farah és a Herceg pedig elsodródnak vele. A Vezír pedig már majdnem felkapja a Tőrt, amit a Herceg közben elejtett, de a Herceg elragadja előle, és lezuhannak a mélybe. Ezután Farah elcsábítja a Herceget, és elveszi tőle a fegyvereit, a medallionját pedig otthagyja. A Herceg utánamegy, és el is éri. Ám Farah nem harcra termett, így a nagy, és erős Homokszörnyek ellen nincs esélye. Az egyik lelöki egy szakadék szélére a Homokóra termének a plafonján lévő lyukhoz. A Herceg még épp elkapja őt a Tőrrel, de Farah leugrik, mert nem akar fájdalmat okozni a Hercegnek. Ettől a Herceg dühtől elvadultan ront neki az ellenségnek. Később Farah-t siratja, amikor ismét előjön a Vezír. A Herceg mostmár nem dől be neki, és az örök élet ajánlata helyett inkább a halált választja, felfut az oszlopon, ráugrik a Homokóra tetejére, és beledöfi a Tőrt. Ekkor a Homok visszaszáll a homokórába, és a játék visszapörög teljesen a legelejére...

A vízcsepp lecseppen, Farah és a Herceg felriad. A Herceg kimegy a sátorból, kezében az Idő Tőrével, majd rájön, hogy hol is van. Ezután elkezd futni Farah szobája felé. Farah kikel az ágyból, majd beleütközik a Hercegbe. A Herceg pedig elmeséli neki a történteket. Ekkor bejön a Vezír és harcolni kell ellene (lásd Főellenségek). Végül legyőzöd és meghal. A Herceg pedig átadja a Tőrt Farahnak és elmegy, de Farah előtte még megkérdezi a nevét: Cacoolokiyam.