A Herceg 4 hete túl van a Warrior Withinben történtek után, és Kaileenával együtt hazatérnek Babilonba (ezt a folytatást választották a készítők). Azonban amikor odaérnek, látják, hogy Babilont elfoglalták, majd később tüzes nyilak záporoznak hajójukba, végül egy katapult ketészakítja a hajót. A Herceg felmászik egy fadarabra, és keresi Kaileenát, majd meglátja a parton heverve. Amikor a partra ér, az ellen elviszi őt.

FIGYELEM! Spoiler-veszély!!!

Itt most végig kell menni Babilonon legalább egy órán keresztül, amikor feljutunk a palotába, majd onnan a toronyba. A Herceg fut, mint az őrült, és ugrik, ám ekkor Mahasti belevágja a láncát, és nekicsapja a falnak. Ekkor meglátjuk az embert, aki Kaileena előtt áll: a Vezírt. Ez pedig azért lehetséges, mert a Herceg végül nem ölte meg Kaileenát, így az Idő Homokja sem jött létre. Ennek köszönhetően a Herceg előző 7 éve teljesen kitörlődött (a Sands of Time-ban és a Warrior Within-ben történtek is "meg nem történtté" váltak). A Vezír előveszi az Idő Tőrét, és teljes erőből Kaileenába szúrja. Kaileena szétrobban a levegőben, a Homok pedig ismét ellep mindenkit. Ekkor a Vezír fogja a Tőrt, és magába szúrja, majd átváltozik, de ezzel a mozdulattal eldobja a Tőrt. A Herceg pedig fut, és elkapja. Itt most az a lényeg, hogy bolyongani kell Babilonba. Közben ahogy jövünk le a palotából, beleesünk egy gödörbe, és a Sötét Herceg hangja kelteget minket. Itt fogunk először átváltozni, és gyakorolhatunk is (néha majd lehet hallgatni a Herceg és a Sötét Herceg dumáját is). Közben le kell győznünk azokat az ellenségeket, akik ott voltak, amikor Kaileena meghalt. Először Klompával kell megküzdeni (lásd Főellenségek), majd Mahastival, de előtte még találkozunk Farah-val is. Innentől ismét segítünk egymásnak, mint annak idején a Sands of Time-ban. Mahasti után sajnos Farah meglát minket, mint Sötét Herceg, és már majdnem lelő minket, de végül másfele lövi nyilát, és elmenekül (nők... :D). Közben lesz még 2 ellenség, majd ismét visszajuttok (kibékültök közben) a palotába. Ekkor azonban a Vezír elrabolja Farah-t, a Herceg pedig leesik egy gödör aljára. Itt végül megtaláljuk apánk holttestét, majd felvesszük a kardját, és a Sötét Herceg eltávozik belőlünk (persze nem önszántából). Ekkor már csak vissza kell jutni a palotába és ha feljutottunk meg kell ölni a Vezírt. Ezután a homokszörnyek elporladnak, és összeáll belőle Kaileena. Ezután elkéri a Hercegtől az Idő Tőrét, és eltünteti, majd leszedi róla a láncot. Végül eltűnik, ám ekkor meglátjuk a koronát. Odamegyünk de megjelenik a Sötét Herceg, és elájulunk. Itt egy kicsit érdekes rész van, de az a lényeg, hogy a Sötét Herceg(ek)et kell lecsapni, és végül felmenni egy lépcsőn vissza Farah-hoz. Ekkor van vége.

Farah és a Herceg állnak a torony tetején, és ekkor Farah megkérdezi a Hercegtől, hogy honnan tudja igazából a nevét. Ekkor a Herceg elkezdi az egynapos meséjét, és látjuk, ahogy a Sands of Time-ban fut a Herceg.

VÉGE