Ez a rész 7 évvel az első után játszodik. A Herceg megváltozott, tapasztaltabb lett. Az előző részben történt szörnyűségek miatt bujkálni kényszerül. Ugyanis amikor kinyitotta a homokórát, felébresztette Dahakát, az Idősík Őrét, akinek az a feladata, hogy mindenáron ölje meg a Herceget. De a Herceg elkezd gondolkozni, hogy mit lehetne ellene tenni. Ekkor arra jut, hogy hogyha megállítja a Homok elkészülését, akkor meg is menekült. Ezért hajójával együtt elindul az Idő Szigetére.

FIGYELEM! Spoiler-veszély!!!

Útközben azonban megtámadják, és a legénység összes tagját megölik. A Herceg pedig dühében elkezdi keresni Shahdee-t, a nőt, aki vezette a támadást. Később bejutunk a szigetre, és sok órányi bolyongás után eljutunk egy nagy terembe, ahol látjuk, ahogy harcol Kaileena ellen. Megállítjuk őt, és később meghal. Kaillenától kéri a Herceg, hogy találkozhasson a Császárnővel. De Kaileena nem segít neki.

A szigeten mászkálunk addig, amíg Kaileena meg nem gondolja magát, és elmondja, hogy aktiválni kell a 2 tornyot, hogy kinyíljon az ajtó a Cászárnőhöz. Ez sikerül is, ám ekkor bejön a csavar: kiderül, hogy maga Kaileena az Idő Császárnője. És meg akar minket ölni, mert a jövőben azt látta, hogy meg fog halni a Herceg által. Ez meg is történik, és a Herceg örül is, amíg nem jelenik meg Dahaka. Értetlenkedik, mivel megölte Kaillenát. Ekkor jön rá, hogy emiatt jött létre az Idő Homokja, hogy megölte Kaileenát. Leroskad, és sajnálkozik. Ekkor elolvassa a falon az írást, amit a Maharadzsa serege írt rá. Ebből derül ki, hogy van egy bizonyos Kísértet Maszkja, amivel meg lehet változtatni a végzetet, és kapni egy Második Esélyt. El is jut addig, és felhúzza a Maszkot. Ekkor átváltozik egy fekete szörnnyé. Kiderül, hogy saját magunkat láttuk a játék folyamán ebben a köntösben. És rájön, hogy ha Kaileenát átviszi a jelenbe, és ott öli meg, nem jön létre az Idő Homokja. Ezután ugyanazt kell megcsinálni, mint a fekete szörny korábban (akit néha láttunk elsuhanni), majd később Dahaka elragadja a Herceget, mi pedig visszaváltozunk. Kaileenát visszavisszük a jelenbe.

1. befejezés: Leugrotok a nagy térre, és Kaileena ellen kell harcolni (lásd Főellenségek). Miután meghalt, Dahaka betöri a falat, majd felemeli Kaileenát, és beszippantja magába. Ezután odamegy a Herceghez, és leszedi róla az amulettet. Ezután a Herceg hazaindul Babilonba...

2. befejezés: Leugrotok a nagy térre, amikor a Herceg mondja Kaileenának, hogy nem akarja megölni. Ekkor jön Dahaka és harcolni kell ellene (lásd Főellenségek). A fele életénél Kaileena belelő egy homokgömböt, és letaszítja a szélére. Itt már csak csapkodni kell, majd lezuhan a vízbe. Kaileenával együtt hazaindultok Babilonba, és közben láthatjuk, hogy elfoglalják Babilont (ami meg is történik). Végül egy fekete ember elveszi a leguruló koronát, és hallhatjuk a legendás szöveget: "All that is yours, is rightfully mine. And mine it will be!" És még hallhatjuk az Öreg Embert is: "You cannot change your fate. No man can."